Havza yönetimi çalışmalarında, havzadaki baskı unsurları dikkate alınarak alt havza bazlı yönetim yaklaşımına gidilmiştir. Bu amaçla müteferrik sulara sahip havzada daha önce belirlenmiş olan mikro havzalar, kendi aralarında yönetimsel amaçlı idari sınırlandırmayı göz önüne alarak birleştirilmiştir.
Doğu Karadeniz Havzası Koruma Eylem Planı çalışmaları, yukarıdaki esaslar uyarınca, 4 alt havzaya bölünmesi suretiyle yürütülmüştür. Bunlar şöyle sıralanmaktadır:
BU YAYIN AVRUPA BİRLİĞİ'NİN MALİ DESTEĞİYLE HAZIRLANMIŞTIR. YAYININ İÇERİĞİNDEN YALNIZ DAI LİDERLİĞİNDEKİ KONSORSİYUM SORUMLU OLUP, YAYIN HİÇBİR ŞEKİLDE
AVRUPA BİRLİĞİ'NİN GÖRÜŞLERİNİ YANSITMAMAKTADIR.