Havza yönetimi çalışmalarında, havzadaki baskı unsurları dikkate alınarak alt havza bazlı yönetim yaklaşımına gidilmiştir. Bu amaçla havzanın hidrolojik ve topografik durumu; baskı unsurlarının benzerlik ve farklılıkları; kurumlarca yapılan çalışmalar ve idari durum göz önüne alınarak alt havzalar belirlenmiştir.
Doğu Akdeniz Havzası Koruma Eylem Planı çalışmaları, yukarıdaki esaslar uyarınca, nehrin doğduğu noktadan Akdeniz’e döküldüğü noktaya kadar 4 alt havzaya bölünmesi suretiyle yürütülmüştür. Bu alt havzalar şöyle sıralanmaktadır:
BU YAYIN AVRUPA BİRLİĞİ'NİN MALİ DESTEĞİYLE HAZIRLANMIŞTIR. YAYININ İÇERİĞİNDEN YALNIZ DAI LİDERLİĞİNDEKİ KONSORSİYUM SORUMLU OLUP, YAYIN HİÇBİR ŞEKİLDE
AVRUPA BİRLİĞİ'NİN GÖRÜŞLERİNİ YANSITMAMAKTADIR.